2020年12月30日以前に、新しいESXi6.5のパッチが出ていましたので適用します。（これまでに出ていたのは見逃したのでスキップします）

例のごとく、シェルスクリプトを作成して実行・適用します。

まずは、Webコンソールからログインし、メンテナンスモードに切り替えます。
仮想マシンは予めすべてサスペンドにするかシャットダウンしておきます。
SSHの有効化も忘れずに。
VNCを有効化してる場合は先に内容を使用しているPCに保存しておきます。

vi update.sh

#!/bin/sh

esxcli network firewall ruleset set -e true -r httpClient
esxcli software profile update -p ESXi-6.5.0-20201103001-standard \
-d https://hostupdate.vmware.com/software/VUM/PRODUCTION/main/vmw-depot-index.xml
esxcli network firewall ruleset set -e false -r httpClient

reboot

sh ./update.sh

自動で適用され再起動されると完了です。
なお、この update.sh は再起動後自動で削除されます。

再起動後はメンテナンスモードを解除して通常通り仮想マシンを起動させます。

VNCを設定してる方は、VNCのXMLも復元を忘れずに。
ファイアーウォールが有効になる場合もあるので、ネットワーク→ファイアウォールルールからVNCが通信できるかもチェックしましょう。

適用前:
6.5.0 Update 3 (Build 16576891)

適用後:
6.5.0 Update 3 (Build 17167537)